不要以为《明实录》完全是在清代编完《明史》后才最终焚毁的，其实在明代就有焚毁草稿/底稿的规定。
《明实录》涉及明朝宫内机密和皇帝隐私，所以明政府制定了“崇重秘书，恐防泄露”的制度，将实录藏诸禁中，秘不示人。并且规定，每一朝实录修成之后，都必须把底稿加以焚毁。明代焚毁实录底稿还有专门的地点，那便是宫禁中太液池畔的芭蕉园。明代黄景昉《国史唯疑》称：“《实录》成，……其副稿虑为人见，例焚之芭蕉园，在太液池东。”明代负责焚毁实录底稿的人，是“直文渊阁入阁预机务”的首辅，即实录的总裁，并且还要在司礼监宦官的监督之下进行。至于《明实录》的正本，则于修成之后进呈皇帝，藏之官中内府，世宗时被火焚毁后则重抄一份藏之于新建的皇史宬中。
然而，藏于皇史宬的《明实录》装潢精美，地位十分崇高，其目的是“秘之金匮玉函，以传万世之信，所重在于尊藏”，所以就连皇帝阅读也必须“尚冠恭看”，即须遵循一定的礼仪，穿戴整整齐齐，恭恭敬敬地阅读，“不尚冠不敢恭看”。于是，神宗着令开馆重新抄写了一套《明实录》，藏在皇帝居住的乾清宫内，仍然是仅供“御览”。此外，为便于后代修实录查阅参考，实录另抄一套副本藏诸内阁。于是，长期以来，除了皇帝和少数内阁大臣和修纂后朝实录的史官以外，极少有人能看到深藏宫中的《明实录》，正如弘治朝内阁大学士丘濬在给孝宗皇帝的疏中所指出的那样，《大明实录》、《大明宝训》等书“天下臣民无由得见”。
由于来源于政府档案的“国史”《明实录》深藏宫禁人未识，致使明朝当代的史学生态失去平衡，导致社会上的稗乘野史流行，使明代历史真伪难辨。有人以为野史流行是由国史失实所引起，从一个方面道出了国史对野史的制约关系。诚如前引崇祯时周镳所说的那样，“正史不早裁定，则稗官野史益以缘饰附会，传之万世”。然而，明代社会上野史流行，更重要的原因还在于《明实录》修成后被秘藏禁中，使明代史坛出现国史的真空状态。如果说野史是补国史之失实而兴起的话，那么它应该是用真实来弥补不实，但实际上野史比起实录的失实来说，有过之而无不及。野史的泛滥，主要是因为社会上不见《实录》造成的。顾炎武曾精辟地指出：
先朝之史，皆天子之大臣，与侍从之官，承命为之，而世莫得见。其藏书之所曰皇史宬；每一帝崩，修《实录》则请前一朝之书出之，以相对勘，非是，莫得见者。人间所传，止有《太祖实录》。因初人朴厚，不敢言朝廷事，而史学因以废失。正德以后，始有纂为一书附于野史者。大抵草泽之所闻，与事实绝远，而反行于世；世之不见实录者，从而信之。万历中，天子荡然无讳，于是《实录》稍稍传写流布。至于光宗，而十六朝之事具全。然其卷重大，非士大夫累数千金之家，不能购。以是野史日盛；而谬悠之谈，遍于海内。
他还指出：“今则实录之进，焚草于太液池，藏真于皇史宬，在朝之臣非预纂修，皆不得见，而野史家传遂得以孤行于世，天下之士于是乎不知今。
然而，明代后期该制度开始松弛，诚如顾炎武所说“万历中，天子荡然无讳，于是《实录》稍稍传写流布”。《明实录》是被一些能够接触实录的大臣和史官传抄出宫禁之外，而开始在社会上流传的。
早在嘉靖年间，个别“近水楼台”的内阁大臣，首先破坏保密制度，开始将《明实录》传抄出宫。当时的首辅严嵩、徐阶家中就有实录抄本。因为实录的副本就藏在内阁，所以给了内阁大臣以可乘之机。《明实录》大规模流播民间，始于万历十六年，时神宗下令首辅申时行将历朝实录抄录成小型御览本。在重抄中，诸校对、誊录官乘机“于馆中誊出，携归私第，转相钞录”，致使当时抄实录者“遍及台省”。万历二十二年，因修正史，复取出实录，供史臣参考。官员们再次乘机大肆传抄。万历二十四年，由于乾清宫火灾，御览本《明实录》“旧本亡失”，因此神宗皇帝又一次“命内阁誊进累朝《宝训》及《实录》以“补之”。在这次费时二年零四个月的重录中，《明实录》同样被参与抄录的史官传抄出宫外。经过三次大规模的抄录活动，实录广泛流传到民间，出现了“家藏户守”实录的局面。甚至还出现有公开销售实录抄本的现象，每部高达“五万缗”。晚明清初，在京师及江南等文化发达地区，许多巨室拥有明代实录。从中可以考见传出宫禁的《明实录》流传之广。
《明实录》传出宫禁之对明史研究的意义，无疑与清末发现内阁大库档案之对清史的研究一样重要。它为人们研究明史提供了相当可靠的重要史料，激起了他们重撰当代史或近代史的兴趣，从而掀起了明清两代撰写严谨明史的高潮，使明代历史从野史稗乘的一统迷雾中逐渐显现出真实的面貌；史料主要来源于实录的《春明梦余录》《典故纪闻》、《国榷》和《明史》等严谨史书的出现，从一定程度上抑制了野史的蔓延，使有关明史的史学生态渐趋平衡。
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