《太祖实录》经过三次修纂。前两次所修的书稿都被朱棣销毁，第三次改修后的《太祖实录》遂成为定本，它就是我们今天所看到的样子。然而，今本《太宗实录》前附有“洪武三十二至三十五年”共四年的史事，这是万历时补修的朱允炆建文朝的历史。本来，深知“灭其朝必先去其史”的朱棣，一再篡改《太祖实录》，就是想要消除朱允炆的影响并粉饰自己，为此，他甚至削去建文年号，将建文元年至四年改为洪武三十二至三十五年。然而，纸包不住火，雪掩不住人，历史是无法删除和篡改的，从英宗时开始，便直有许多仗义直言的文臣如王祖嫡、杨守陈、焦竑、李清等为建文鸣不平，要求恢复建文年号并改纂建文朝实录。据柷允明的《野记》所载，英宗时，张太皇太后大渐，召三杨于榻前，问朝廷尚有何大事未办者？杨士奇提出了三件事，其中之一是“建庶人虽已灭，曾临御四年，当命史官修起一朝《实录》，仍用建文之号”。太皇太后说：“历日已革除之，岂可复用?” 杨士奇答道：“历日行于一时，《实录》万世信史，岂可蒙洪武之年以乱实?” 结果“后颔之”。但祝允明的《野记》可信度不大，不过它反映出一个信息，即明代受直书教育的史臣们对明成祖朱棣去建文之史的做法早就不满。成化至弘治时，詹事杨守陈在史馆曾说：“古人谓国可灭，史不可灭...... 太宗靖内难，其后史臣不纪建文君事，遂使建文数年朝廷政事，及当时忠于所事者，皆湮没不传。及今采辑，尚可补国史之缺。”但这些建议都没有获得批准。

至万历时，为建文复年号和修实录的呼声越来越高。据《神宗实录》卷一九六载，万历十六年三月王辰，大学士申时行在一封奏疏中曾说：“（国子监）司业王祖嫡请复建文年号，改正《景皇帝实录》。”复建文年号与为建文修实录是关联在一起的两个问题。焦竑在《修史四事疏》中也提出复建文之年号：“建文、景泰二朝，少者四年，多者七八年，向无专记。……国可灭，史不可灭也。况在本朝，乃使之孙蒙祖号，弟袭兄年，名实相违传信何据? 此所当创为者一也。”尽管复建文年号的请求未被采纳，但为建文朝修实录的建议却获得批准。据《明史·艺文志》二载：“万历时允科臣杨天民请，附建文帝元、二、三、四年事迹于后”于是，一些史官搜集建文朝史料，撰成实录，附于《太祖实录》之后。申时行请单独为此实录标立建文年号，但被神宗否决。于是，最终在《太宗实录》卷一至卷十五，便有了“奉天靖难事迹”和洪武三十五年的要录，其实是建文朝的实录。

   由于建文朝的实录修得简略，且标以洪武系年，所以沈德符抱打不平道：“建文帝一朝四年，荡灭无遗，后人搜括捃拾，百千之二耳。”崇祯十五年，都尉巩永固、给事沈胤培俱疏请恢复建文年号，并重新收集史料撰写建文实录，但未被采纳。到南明时，福王弘光政权的给事中李清，再次提请追议建文、景泰二帝庙号，于是福王政权上故懿文太子庙号曰兴宗，建文帝庙号曰惠宗，景泰帝庙号曰代宗。不久，李清“又疏请修《建文实录》”，他的奏疏大略云：“惠历载有四，其《实录》成之甚易，祗缘当时珥笔诸臣摇手革除，于是化国史为家乘，而子虚乌有皆佐笔端，则《史彬致身录》其最也。若非先臣《吴宽集》中载彬墓铭甚详，安知从亡之说赝，而从亡十臣之说皆赝之赝乎云云。”同时，另一位儒臣万元吉也有类似的建议，《明史》本传载：“福王立，元吉请修建文实录，复其尊称，从之。”旋以南京失守，他们的建议都“不果行”，成为泡影。

    英宗朱祁镇在抗击蒙古瓦刺部内侵的土木堡战役中被俘，蒙古人长驱直入，兵临北京城下，朝廷大臣遂拥立英宗之弟郕王朱祁钰为皇帝，是为代宗景泰皇帝。景泰七年，已放归北京的“太上皇朱祁镇发动政变，夺回了帝位，改元天顺。从此，代宗被贬为戾王。景泰七年的历史，在英宗之子宪宗修的《英宗实录》中，也被作为“废帝郕戾玉附录”，附在正统朝之后，由于有以上的复杂背景，因此《英宗实录》的修纂过程，就出现了一些波折。

    天顺八年正月，英宗皇帝去世，其子宪宗继位，七个月后，即天顺八年八月戊戌，宪宗皇帝决定为他多灾多难的先父树碑立传，修纂《英宗实录》。这次修纂实录，大量征用了外地官员及起复了休假、丁忧回籍的京官。然而所征招的官员中，不少人似乎有些不大情愿修实录。深层原因大概就是不愿因修是非多的《英宗实录》惹上麻烦。
    在《英宗实录》的修纂过程中，史馆还将景泰皇帝的历史编入一百八十七卷至二百七十三卷，以“废帝郕戾王附录”的名义，附于《英宗实录》的正统朝之后。在编纂过程中，有入主张革去景泰帝号，尹直坚决反对，据《明史》卷六八本传载：“成化初……与修《英宗实录》。总裁欲革去景泰帝号，引汉昌邑、更始为比。直辩曰：‘实录中有初为大，后为军民者，方居官时则称某官，既罢去而后改称。如汉府以谋逆降庶人，其未反时书王书叔如故也。岂有逆计其反，而即降从庶人之号者哉！且吕邑旋立旋废，景泰帝则为宗庙社稷主七年。更始无所受命，景泰帝则策命于母后，当时定倾危难之中，微帝则京师非国家有，虽易储失德然能不惑于卢忠、徐振之言，卒全两宫，以至今日其功过相准，不宜去帝号。时不能难。”所以，尽管修成后的实录称“郕戾王附”，但在正文中，仍然称朱祁钰为“帝”。

    从严格意义上讲，崇祯实录已经不属于《明实录》之列。崇祯死后，明朝灭亡，其身后所修的实录及长编都是清人追纂，不复实录原意。清初，设明史馆修《明史》，为了收集、排比资料，遂据明宫档册纂成《崇祯实录》及《崇祯长编》。有关崇祯的《实录》，今存两种：一曰《明□宗□皇帝实录》，一曰《崇祯实录》。前者仅记天启七年八月至十二月崇祯即位期间的事，后者则记崇祯改元以后的事，从崇祯元年止月直到崇祯十七年三月。二书合起来正好是崇祯朝完整的实录。但这二部实录却并非一书。

     《明□宗□皇帝实录》书作者及成书年代，黄彰健先生认为它可能是清初明史馆修本：“《明□宗□皇帝实录》，系记天启七年九月至十二月崇祯帝即位后事。崇祯帝系亡国之君，自无实录。然今存《明史考证攈逸》卷二六及二七，曾引《明实录》记崇祯即位以后事，其所引计九则。《明史考证》系史馆本，则此所附《明□宗□皇帝实录》，亦可能系史馆本也。”笔者认为黄先生之言未尽是。《明□宗口皇帝实录》并非清初明史馆官修之书，很有可能是一些汉族史臣私人所修，从此书对满清的称呼可见，它既不敢称呼为虏、奴，又不愿称为金、满和清，而是称之为建”。
       清给崇祯追谥号“庄烈愍皇帝”，庙号“思宗”，作者干脆将庙号谥号空着，对清的愤懑抗议尽在不言之中。《崇祯实录》同样未署作者和成书年代，但可以是清初明史馆所纂辑。书中径称“清兵”。

所以今人所看到的《明实录》虽无建文帝、景泰帝、崇祯帝三朝实录之名，却也部分保留了三朝实录之事。